基金的专户理财在操作过程中特别强调公平交易。《特定资产管理业务办法》规定特定客户资产管理业务与基金公司的其他资产管理业务之间应当建立严格的"防火墙"制度，严格禁止各种形式的利益输送行为。通过建立健全内部控制制度，加强风险管理，防范和化解特定客户资产管理业务试点过程中可能出现的各类风险，保护好有关各方的合法权益。2007年3月20日，证监会又颁布了《证券投资基金管理公司公平交易制度指导意见》，对基金公司所管理的封闭式基金、开放式基金、社保组合、企业年金、特定客户资产之间的公平交易，防火墙建立和防止利益输送做了进一步的规定。因此，基金公司在严格的内外部风险控制和监管下，是严禁在专户理财和其它资产管理业务之间进行利益输送。